Más que una cuestión semántica es más bien de pensamiento, y cuando está en el pensamiento no está en el objeto. Es más bien el uso del no, porque lo que hacemos en la observación es decir lo que sí vemos.
Cuando dices «tronco de manera no recta ni regular»
Estás presuponiendo que un tronco tiene que ser recto o irregular.
Otro ejemplo.
El gato no tiene cola larga
Estamos suponiendo que tiene que tener cola larga.
Podemos decir la cola mide 15cm y entre paréntesis podemos decir lo que pensamos (me ha sorprendido que no tuviera una cola larga, investigaré si es una raza de cola corta o puede que la perdiera en algún momento).
¿Me he explicado?